До 1994 года в Казахстане было 3045 местных бюджетов. В связи с проведением централизации бюджетной системы были ликвидированы 2500 местных бюджетов - поселковых, аульных. При этом до 1994 года исполнением государственного бюджета занимались и Национальный банк, и Министерство финансов. Такая смешанная система не обеспечивала действенного контроля. В целях ее совершенствования было принято решение о создании Главного управления Казначейства в составе Министерства финансов.
В 1996 году был принят новый Закон РК «О бюджетной системе». Принятие этого закона стало еще одним шагом развития бюджетной системы. В нем были четко обозначены принципы бюджетной системы, регламентирован порядок составления, рассмотрения, утверждения, исполнения и контроль над исполнением бюджета. В бюджетную практику вводились новые понятия и термины: субвенции, государственные гарантии, займы, заимствование, долг. Введено деление доходов государственного бюджета на общегосударственные налоги, сборы, платежи и местные налоги и сборы. Создан Счетный комитет по контролю за исполнением республиканского бюджета как орган, осуществляющий контроль за эффективностью использования бюджетных средств.
Один из значительных шагов был сделан в этой сфере в 1997 году. Им стало внедрение новой бюджетной классификации доходов и расходов, соответствующей требованиям международных стандартов. Ее внедрение позволило обеспечить взаимную увязку расходов бюджетов всех уровней с выполнением программных задач государства, а также улучшить исполнительскую дисциплину и повысить прозрачность формирования бюджета.
В 1999 году был принят третий Закон Республики Казахстан «О бюджетной системе». Этот Закон позволил обеспечить принцип единства бюджетной системы, предоставить одинаковый уровень государственных услуг населению по всей территории республики и выровнять диспропорции между регионами. Также этим законом были установлены межбюджетные отношения, механизмы бюджетных изъятий и субвенций, разграничено финансирование определенных государственных функций из средств республиканского и местных бюджетов соответственно. В этот период основной упор в реформировании был сделан на обеспечение целевого и эффективного расходования бюджетных денег и предотвращение роста кредиторской задолженности бюджета.