В июне 1996 года был открыт Единый Казначейский Счет в Национальном Банке, где аккумулировались денежные средства из республиканского и местных бюджетов. Казначейством был разработан механизм проведения платежей по ЕКС, создано программное обеспечение. Ежедневно полученная информация по ЕКС обрабатывается и передается руководству и Правительству Республики Казахстан. Таким образом, каждый день отслеживается состояние бюджета: доходы, расходы, остаток денежных средств по областям и в республике в целом.
В январе 1998 года Бюджетный банк был ликвидирован, а функции кассового исполнения бюджета перешли в территориальные органы казначейства.
При помощи Казначейского механизма исполнения доходов и расходов республиканского бюджета предполагается достижение эффективного использование бюджетного фонда страны. В обеспечении доходной базы республиканского бюджета огромную роль играет усовершенствованный Казначейский контроль за полным и своевременным поступлением платежей в бюджет.
В узком смысле «Казначейство» является государственным органом управления, осуществляющим специальные функции по исполнению Республиканского бюджета и расчетно-кассовому его обслуживанию.
В широком смысле «Казначейство» приобретает статус экономического понятия, необходимого в условиях рыночных преобразований и выражающего отношение государства к бюджетным учреждениям в процессе управления государственными финансовыми ресурсами.
Исполнение бюджета - это совокупность финансово-денежных отношений при формировании доходов и осуществлении расходов средств государственного фонда в пределах бюджетных ассигнований, выделяемых на текущий финансовый год в соответствии с финансовым планом государства.