Международный опыт показывает, что в условиях перехода к рыночным методам управлением экономикой одной из действенных мер широкомасштабной реформы всего бюджетного процесса является создание Казначейства.
В январе 1994 года при Министерстве финансов было образовано Главное управление казначейства. Это единый орган по исполнению бюджета, которому были переданы функции бюджетного управления по бухгалтерскому учету, а также методологии бухгалтерского учета в бюджетных учреждениях и финансовой системе. Главное управление казначейства наделялось большими полномочиями, возможностью проверять министерства, ведомства, предприятия и организации на предмет целевого и разумного использования бюджетных средств, а в случае обнаружения подобных фактов - отзывать средства, используемые не по назначению.
На первом этапе создания казначейской системы в регионах, где имелись расчетно-кассовые центры Национального банка, были сформированы территориальные управления казначейства. Они отслеживали поступление бюджетных средств, и зачисляли их на счета государственных учреждений. Территориальные управления являлись юридическими лицами, имели самостоятельные сметы расходов, текущие счета в учреждениях Национального банка РК.
В 1995 году Казначейством была разработана новая бюджетная классификация доходов и расходов бюджетов Республики Казахстан, соответствующая международной практике. Параллельно прорабатывалась функциональная часть казначейской системы.
В том же году Указом Президента Республики Казахстан расчетнокассовые центры Национального Банка были переданы в ведение Казначейства, на базе которых был создан Бюджетный банк. Это банк, образованный на переходный период, с тем, чтобы его подразделения и областные управления казначейства работали в тесном сотрудничестве, осваивая новую технологию обработки платежей бюджетных организаций.