Такими методологическими принципами являются следующие:
- регламентация региональных различий формирования региональных бюджетов: учет объективных (природных, исторических, демографических и др.) и элиминирование действия субъективных (статус региона, разница их бюджетно-налоговых потенциалов, экспорт налогов и система льготного налогообложения) факторов асимметрии территориального устройства страны;
- децентрализация национальной бюджетной системы с законодательным устранением неопределенности доходной части и ее дисбаланса с бюджетными полномочиями на региональном уровне;
- отказ от дотационных форм бюджетного регулирования с переходом к стратегии стимулирования бюджетного самообеспечения региональных и местных бюджетов;
- расширение сферы бюджетного регулирования за счет включения в нее финансовой составляющей собственности.
Так в отношении ассиметрии бюджетного регионализма в Казахстане можно привести в пример состояние субвенционного дотирования регионов. К примеру, регионы, бюджетно-обеспеченные выше среднеказахстанского уровня, оказались в этих относительно благоприятных условиях во многом благодаря многолетнему перераспределению национального дохода в их пользу, соответственно, в ущерб другим регионам. Статистика показывает, что в Южно-Казахстанской и Карагандинской областях выше уровень бюджетных расходов на душу населения при том, что они «оставляют» у себя более высокую долю собранных налогов и формируют за счет поступлений из республиканского бюджета более весомую часть своих доходов.