Госбанк занимался только распределением ресурсов на верхнем уровне, не имея возможности воздействовать на выполнение кредитных планов. Каждый банк реализовал самостоятельные кредитные планы, используя административные методы управления.
В 1988-1989 гг. на основе закона «О кооперации» стали создаваться коммерческие и кооперативные банки в основном на базе денежных накоплений различных отраслей промышленности. В течение первого периода 1988-1989 гг. было создано около 150 коммерческих и кооперативных банков. Начала вырисовываться новая двухуровневая структура банковской системы: Госбанк и специализированные банки - первый уровень, коммерческие и кооперативные банки - второй уровень. В середине 1990 г. в связи с объявлением правительством программы перехода к рынку стало очевидным, что банковская система нуждается в дальнейшей реорганизации. В частности, в правительственной программе отмечалась необходимость создания эффективной двухуровневой банковской системы, состоящей из Государственного банка и коммерческих банков, в которые должны быть преобразованы созданные в 1987 г. специализированные банки.
В конце 1990 г. Верховным Советом СССР были приняты «Закон о Госбанке РСФСР» и закон «О банках и банковской деятельности», которые заложили правовую основу двухуровневой банковской системы в виде Центрального банка (Госбанка) и коммерческих банков. Банки получили самостоятельный статус в области привлечения вкладов, кредитной политики, определении процентных ставок, проведении валютных операций на основе лицензий, выданных Центральным банком.
Закон 1990 г. изменил функции Госбанка: кроме эмиссионной и расчетной функции, он стал контролировать деятельность коммерческих банков путем установления для них обязательных нормативов резервов и хранения их на счетах Центрального банка. Принятие закона 1990 г. способствовало созданию широкой сети коммерческих банков во всех регионах страны.Специализированные банки были преобразованы в коммерческие банки. Уже в 1988-1989 гг. начали возникать отдельные специализированные кредитно-финансовые институты. В качестве альтернативы двум государственным страховым учреждениям - Госстраху и Ингосстраху - были образованы страховые компании «Центрорезерв», «Дальросс», «Аско» и др., функционирующие на коммерческой основе. Одновременно было создано несколько инвестиционных компаний и банков.