Дальневосточный федеральный округ на перспективу определен в качестве одного из трех приоритетных направлений региональной политики российского государства. В программе правительства Российской Федерации по социально-экономическому развитию России на период 2000-2008 гг. сказано: «Предстоит усовершенствовать систему мер федеральной политики в отношении Северного Кавказа, Калининградской области, Дальнего Востока. В ближайшее время федеральные целевые программы регионального развития будут сосредоточены исключительно на поддержке перечисленных территорий. Помимо оказания федеральной поддержки на указанных территориях, необходимо применение особых мер в области миграционной политики, международных и внешнеэкономических отношений и т.п .».
Система поддержки Дальнего Востока со стороны федерального центра включает: реализацию действующей Целевой федеральной программы «Экономическое и социальное развитие Дальнего Востока и Забайкалья на 1996-2005 гг. и до 2010 г.»; участие отдельных дальневосточных субъектов в Федеральной программе по выравниванию уровней социально-экономического развития регионов России; участие субъектов Российской Федерации в общефедеральных, в том числе инвестиционных, программах; опережающее внедрение новых институтов региональной политики (агентств регионального и муниципального развития, механизмов частно-государственного партнерства при реализации социальных и инфраструктурных проектов, создание особых экономических зон), расширение практики реализации пилотных проектов по различным аспектам реформ в России.
В целом тем не менее просматривается тенденция сокращения прямой экономической помощи отдельным регионам, в том числе дальневосточным. В Якутии, например, на 2005 г. было согласовано финансирование из федерального бюджета в размере 10,6% средств, предусмотренных программой «Экономическое и социальное развитие Дальнего Востока и Забайкалья на 1996-2005 гг. и до 2010 г.». Федеральный центр постепенно «выводит» специфические отношения с Дальним Востоком на общий режим. В нем отдается приоритет динамично реформируемым субъектам Российской Федерации, результатом преобразований в которых будут рост экономики и эффективное использование федеральных средств. И это изменение акцентов необходимо учитывать, несмотря на временные всплески внимания федерального центра к проблемам развития российского Дальнего Востока.