Средства фонда могут расходоваться с целью исполнения стабилизационной функции в виде направлений в республиканский и местные бюджеты для компенсации потерь, определяемых как разница между утвержденными и фактическими суммами поступлений налогов и иных обязательных платежей в бюджет от организации сырьевого сектора.
Средства также могут направляться в республиканский и местные бюджеты в виде целевых трансфертов на проекты, имеющие особое социально-экономическое значение для республики. В целях получения инвестиционного дохода средства фонда размещаются в надежные и ликвидные иностранные финансовые активы. Важным ограничением по использованию средств фонда является то, что они не могут использоваться для кредитования частных или государственных организаций и в качестве обеспечения обязательств.
Для управления фондом Указом Президента формируется состав Совета по управлению Национальным фондом. За президентом закреплены прерогативы давать обязательные для исполнения указания Совету, Правительству и Национальному банку по вопросам фонда, осуществлять контроль за деятельностью по управлению фондом. В задачи Правительства входит разработка и утверждение правил составления отчетности, порядка зачисления денег в Фонд и использование его средств; разработка совместно с Национальным банком и утверждение графика предоставления информационных материалов и финансовой отчетности по деятельности, связанной с управлением фондом; предоставление отчета о формировании и использования фонда президенту страны и информации парламенту; проведение ежегодного аудита. Доверительное управление Фондом осуществляет Национальный банк Республики Казахстан на основании договора о доверительном управлении, заключаемого между Национальным банком и правительством. Для эффективного доверительного управления решением Правления Национального банка определяется специальное должностное лицо (на уровне не ниже заместителя председателя Национального банка), в полномочия которого входит оперативное принятие решений по доверительному управлению фондом от имени Национального банка.