Взаимосвязь бюджетов всех уровней основана на использовании регулируемых доходных источников, создания целевых и региональных бюджетных фондов, их перераспределения. Это важное положение реализуется через систему налогов, которые регулируют объемы поступлений финансовых ресурсов, между государством и его регионами, а также в целом на территории Казахстана.
Необходимость такой системы возникает в результате того, что в рамках страны существует разница финансовой обеспеченности регионов как последствие ряда объективных причин, связанных с их экономическим и географическим положением. Независимость бюджетов обеспечивается присутствием источников доходов и правом выбирать направление их использования и затрат.
В принятом в 2008 году Бюджетном кодексе РК заложены новые принципы бюджетной системы, коренным образом пересмотрены ранее существовавшие принципы бюджетного планирования. Введена вертикальная схема внутреннего контроля республиканского и местных бюджетов. Внутренний контроль проводит Комитет финансового контроля Минфина. Функции внешнего контроля остаются за Счетным комитетом и ревизионными комиссиями маслихатов, введен новый механизм перечисления средств в НФ.
Бюджетная система Республики Казахстан основывается на следующих принципах:
- принцип единства - применение единых принципов организации и функционирования бюджетной системы, использование единой бюджетной классификации и единых процедур бюджетного процесса в Республике Казахстан. Принцип единства означает степень организационно-экономической централизации бюджетной системы. Наиболее полно принцип единства проявлялся в бюджетной системы СССР.