Бюджетное финансирование научных исследований, когда средства выделяются на содержание всего научного учреждения в соответствии с планом финансирования, принято называть институциональным способом.
В состав затрат научно-исследовательского учреждения, финансируемого из бюджета, входят общие сведения, включая перечень организаций, подчиненных учреждению, расчет расходов на содержание аппарата управления, расчет численности работников, расчет расходов по статьям, распределение затрат по видам работ, подразделениям и темам.
При проведении научных исследований по заказам или грантам взаимоотношения между заказчиком и исполнителем оформляются договором о выполнении научно-исследовательских или опытно-конструкторских работ, составленным в соответствии с определенными требованиями.
Бюджетное финансирование научных исследований, когда средства выделяются на выполнение отдельной темы или определенного проекта, принято называть программно-целевым (селективным) способом. Данный способ финансирования науки считается более прогрессивным, поскольку позволяет создать коллектив, способный достичь конкретного научного результата, выделить наиболее актуальную тему и полностью его профинансировать.
Функциональная классификация расходов республиканского бюджета предусматривает подфункцию 04 «Фундаментальные научные исследования», где администратором является Министерство образования и науки. Планирование расходов и выделение ассигнований осуществляется по бюджетной программе «Фундаментальные и прикладные научные исследования».
В расходах бюджета предусмотрены затраты на обеспечение политических интересов страны и внешнеполитической деятельности, на участие в международных организациях и других международных органах, на содержание представителей страны в различных международных органах. За основу планирования расходов на эти цели принимаются предварительные итоги исполнения бюджета предыдущего года с учетом намечаемых изменений и мероприятий по реструктуризации расходов в планируемом году.