Второе направление реформирования можно определить как организационное. Оно предполагает принятие следующих мер: сокращение количества налоговых льгот; установление и перекрытие существующих каналов отвлечения доходов из регионов; активизацию работы налоговых органов по собираемости налогов и реализации конфискованного имущества; более настойчивое решение вопросов расширения местной налоговой базы региональными органами власти; коренное изменение методов расчёта трансфертов регионам. Представляется, что оценка преимущественно административного реформирования межбюджетных отношений является однозначной. Однако этот вариант противоречит экономическому содержанию межбюджетных отношений и принципам бюджетного регионализма.
Третий вариант реформирования межбюджетных отношений можно определить как эволюционный. Он развивает реформационные тенденции последних лет. Этот вариант, по сравнению с двумя вышеперечисленными, включает наиболее широкий и скоординированный перечень мероприятий. Как известно, бюджетное регулирование, в основном, проводится через отчисления от регулирующих налогов и выделение средств из бюджетов вышестоящего уровня в различных формах.
Проблема распределения налоговых поступлений между бюджетами всех уровней должна рассматриваться с нескольких позиций. Во-первых, с позиции достаточности получаемых каждым бюджетом средств для покрытия тех расходов, которые соответствующие уровни власти финансируют в силу своих полномочий. Во-вторых, имеет большое значение вопрос о специфике налогооблагаемой базы, её равномерности, мощности, стабильности и т.д. В-третьих, важно определиться в том, какому уровню власти удобнее и эффективнее собирать тот или иной налог с целью повышения уровня его собираемости.