Доверительное управление активами Национального фонда осуществляется Национальным Банком Республики Казахстан. Оценкой эффективности управления фондом является сверхдоходность портфелей фонда за определенный период времени. При этом важно соблюдение ограничений, установленных Правилами осуществления инвестиционных операций
Национального фонда Республики Казахстан. Сверхдоходность определяется как разница между фактической доходностью и доходностью эталонного портфеля фонда. За свои услуги Национальный банк получает ежеквартально комиссионное вознаграждение в размере 0,06 % годовых от среднего арифметического рыночной стоимости портфелей фонда в самостоятельном управлении Банка на конец каждого месяца отчетного квартала. Кроме того, Национальный банк получает комиссионное вознаграждение по итогам года, зависящего от результатов самостоятельного управления фондом, равного 10 % полученного положительного сверхдохода. При этом оно должно быть не более 0,02 % от среднегодовой рыночной стоимости Фонда, находящегося в его управлении. Сверхдоход определяется как разница между фактической доходностью и доходностью эталонного портфеля Фонда, умноженная на среднее арифметическое рыночных стоимостей портфелей в управлении Национального Банка. В случае получения отрицательной сверхдоходности фонда, Национальный Банк возмещает Правительству сумму равную 10 % полученного отрицательного сверхдохода, но не более 0,01 % от среднегодовой рыночной стоимости фонда, находящегося в его управлении.
Активы Фонда сосредотачиваются на счете Правительства Республики Казахстан в Национальном Банке. Общая рыночная стоимость портфеля Национального фонда на конец 2010 года была равна $33 млрд. 757,7 млн., в том числе валютного портфеля - $31 млрд. 25 млн. (91,9%), портфеля облигаций АО «Самрук-Казына» и АО НУХ «КазАгро» - $2 млрд. 732,6 млн. (8,1%). Доходность Национального фонда в целом за 2010 год составила 3,02%, а с начала его создания по 31 декабря 2010 года