осуществляет проверку соблюдения государственным органом бюджетного и иного законодательства Республики Казахстан;
осуществляет контроль реализации стратегического и операционного планов государственного органа, оценку результатов;
осуществляет контроль за достоверностью и правильностью ведения государственным органом учета и отчетности;
принимает меры по выявлению, пресечению и недопущению нарушений при использовании средств республиканского и (или) местных бюджетов в соответствии с законодательством Республики Казахстан;
осуществляет контроль за исполнением представлений, направляемых объектам контроля, и решений, принятых по итогам результатов контроля;
запрашивает и получает в установленный им срок от объектов контроля необходимые документы, справки, устные и письменные объяснения по вопросам, связанным с проведением контроля;
беспрепятственно знакомится с документацией объектов контроля, относящейся к вопросам контрольного мероприятия, с учетом соблюдения режима секретности, служебной, коммерческой или иной охраняемой законом тайны и др.;
Служба внутреннего контроля представляет руководителю государственного органа отчеты о результатах контроля и рекомендации по улучшению внутренних процедур, правил, процессов в государственном органе в целях повышения эффективности его работы, достижения прямых и конечных результатов его деятельности.
Служба внутреннего контроля организационно независима от других структурных подразделений, подчинена и подотчетна только первому руководителю государственного органа.