До принятия Концепции по формированию и использованию средств НФ РК (2006г) одной из ключевых проблем, влияющих на формирование доходов республиканского бюджета и активов Национального фонда, была излишняя мобильность механизма его формирования. Так, Правительство, с одной стороны, расширяя источники поступлений в Национальный фонд, с другой меняя список компаний, осуществляющих эти отчисления, регулировало доходы бюджета и самого фонда (увеличивало или сокращало). При этом сверхплановые платежи компаний -плательщиков не направлялись в Национальный фонд, а поступали на финансирование текущих расходов республиканского бюджета. Расширение государственных расходов приводило к давлению на денежный рынок, укреплению национальной валюты, росту инфляции.
В 2005 году принята первая Концепция формирования и использования средств Национального фонда на среднесрочную перспективу, в которой были определены основные принципы и подходы по управлению его активами. В целях обеспечения оптимального баланса распределения нефтяных поступлений между республиканским бюджетом и Национальным фондом был разработан метод сбалансированного бюджета, при котором доходы нефтяного сектора полностью направляются в Национальный фонд, а доходная часть республиканского бюджета формируется только за счет ненефтяного сектора.
Действовавшая с середины 2006 года схема направления средств Национального фонда в экономику страны предусматривала гарантированный и целевые трансферты в республиканский бюджет, а также долгосрочное инвестирование средств в отечественные ценные бумаги. При этом ограничением при определении гарантированного трансферта являлось не более одной третьей части активов Национального фонда на конец года, предшествующего году разработки республиканского бюджета.