На фоне сокращения объемов приграничного оборота дальневосточных регионов начался рост «челночной» торговли. К 1996 г. «челночная» торговля достигла оценочно 257,4 млн долл., превратившись в крупный сектор дальневосточной экономики. В значительной мере он выпадал из системы общего налогового и тарифного регулирования. Попытка исправить положение предпринималась неоднократно. В 1996 г. вышло постановление Правительства РФ: «О порядке перемещения физическими лицами через таможенную границу Российской Федерации товаров, не предназначенных для производственной или иной коммерческой деятельности». В последующем отдельные регионы предпринимали меры по регулированию и налогообложению «народной торговли». В июне 1996 г. главы правительств двух стран договорились о полном переводе взаимных сделок на свободно конвертируемую валюту. В этом же году расчеты в валюте покрыли почти 77% китайского экспорта и более 90% импорта России. Первой реакцией внешней торговли на эти шаги было ее дальнейшее сокращение. За 1997 г. товарооборот Хабаровского края с Китаем сократился в 3,7 раза. Вместе с тем дальневосточная приграничная торговля по своей структуре пришла в большее соответствие с собственным региональным экономическим потенциалом.
Взаимные интересы России и Китая получили дальнейшее развитие на межрегиональном уровне, когда в 1998 г. в г. Благовещенске постоянная рабочая группа межправительственной российско-китайской подкомиссии по экономическому сотрудничеству приняла решение о создании Координационного совета по межрегиональному и приграничному торгово-экономическому сотрудничеству. В его состав вошли представители правительств и администраций приграничных районов Китая и России.