В пределах компетенции Комитет выполняет следующие реализационные и контрольные функции в сфере внутреннего финансового контроля и государственных закупок, аудиторской деятельности, бухгалтерского учета и финансовой отчетности:
контроль за соблюдением объектами контроля бюджетного законодательства, законодательства о государственных закупках и других нормативных правовых актов РК при использовании средств республиканского и местных бюджетов; соблюдения условий и процедур предоставления бюджетных кредитов, софинансирования концессионных проектов, государственных гарантий и поручительств государства, связанных грантов и активов государства, а также за достоверностью и правильностью ведения объектами контроля учета и отчетности;
работа со службами внутреннего контроля центральных государственных и местных исполнительных органов, а именно: контроль за соблюдением работниками служб стандартов государственного финансового контроля, осуществление методической помощи и координация их деятельности, организация повышения квалификации, а также разработка и утверждение типовых квалификационных требований работников этих служб;
лицензирование, аккредитация, мониторинг и контроль за соблюдением законодательства в сфере аудиторской деятельности, бухгалтерского учета и финансовой отчетности.
Комитет финансового контроля является ведомством Министерства финансов Республики Казахстан, и осуществляет функции Уполномоченного Правительством РК органа по внутреннему государственному финансовому контролю.