Вялый характер носило обсуждение и других энергетических проектов, в том числе по освоению газовых месторождений Якутии
и Восточной Сибири, транспортировке нефти с Западной Сибири на тихоокеанское побережье Дальнего Востока.
В последние годы Россия и Япония обозначили готовность к расширению сотрудничества. В 2000 г. состоялся визит президента России в Японию. В ходе визита была подписана «Программа углубления сотрудничества в торгово-экономической области между Российской Федерацией и Японией», открывающая возможности для широкомасштабного сотрудничества двух стран в XXI в. В 2003 г. состоялся официальный визит премьер-министра Японии в Россию. В ходе визита руководителями двух стран было подписано Совместное заявление, в котором поставлены конкретные задачи по дальнейшему углублению всестороннего сотрудничества, в том числе в торгово-экономической сфере. В последующем стороны обменялись большим количеством официальных и неофициальных (общественных) делегаций. Последний визит президента России в Токио в 2005 г. подтвердил стремление России укреплять сотрудничество в торгово-экономической сфере. Была достигнута договоренность о строительстве трубопровода из Восточной Сибири до Сковородина и далее в южное Приморье, нефтеналивного терминала на побережье Японского моря. Качественно новым в развитии двусторонних отношений является принятие в действие принципа параллельности, т.е. развития отношений в экономической, гуманитарной и политической сферах независимо от достигнутых результатов в территориальных отношениях. При этом последние признаются хотя и важным аспектом взаимодействия государств, но не влияющим на ход развития других отношений. В определенной мере этот принцип помогает выйти межгосударственным отношениям из тупика. Этому способствовала сменившаяся ситуация на рынках энергоресурсов и понимание Японией фундаментального факта, что свою энергетическую безопасность без участия России в полной мере она обеспечить не способна.